Henrikh Hamleti Mkhitarian nasce a Erevan (Armenia) il 21 gennaio 1989. Figlio d’arte (il padre era attaccante dell’Ararat), inizia a giocare a calcio nelle giovanili del Pyunick, con il quale fa esordio anche nel calcio professionistico a soli 17 anni. Mette in bacheca 4 campionati armeni, due Supercoppe di Armenia e una Coppa d’Armenia.
Il suo talento sboccia rapidamente e viene ingaggiato dal Metalurg Donetsk, divenendone capitano a soli 21 anni. Resterà solo una stagione nel club ucraino, mettendo a referto 45 presenze e 16 gol.
Sostiene un provino con il club iraniano Mes Kerman, ma viene scartato e nel 2010 si trasferisce allo Shakthar Donetsk per 7.5 milioni di dollari. Resterà per 3 stagioni vincendo 3 volte il campionato ucraino, 3 Coppe di Ucraina e 1 Supercoppa d’Ucraina.
Nel 2013 si trasferisce al Borussia Dortmund, dove si erge tra i migliori della squadra allenata da Jurgen Klopp. Dopo 3 stagioni con il club giallonero, dove è sceso in campo per 140 volte con 41 gol all’attivo, ed aver vinto 2 volte la Supercoppa di Germania, si trasferisce al Manchester United per 31.5 milioni di euro.
Nell’esperienza con la maglia dei Red Devils, vince la Community Shield, la FA Cup e l’Europa League, nella quale segna il gol del 2-0 in finale con l’Ajax.
A gennaio 2018 passa all’Arsenal in cambio di Alexis Sanchez. Sarà costretto a saltare la finale di Europa League a Baku a causa delle tensioni tra Armenia e Azerbaigian.
Il 2 settembre 2019 si trasferisce alla Roma. L’esordio in giallorosso è il 15 settembre 2019 contro il Sassuolo ed alla sua prima va subito in gol. Per tutta la prima stagione è falcidiato da infortuni che ne limitano l’impiego. Tuttavia mette a segno 9 reti in 27 presenze.
Il 31 agosto 2020 rescinde il contratto che lo legava all’Arsenal e approda alla Roma a titolo definitivo. Gli infortuni non lo tormentano più e Mkhitaryan fa valere le sue doti sia come finalizzatore sia come uomo-assist mettendo a referto 15 gol, 13 assist in 46 presenze.
L’arrivo di Mourinho sulla panchina della Roma nella stagione 2021/2022 fa pensare che l’armeno possa lasciare la squadra, per via di dissidi avuti nell’esperienza al Manchester United. Invece, da gran professionista, rimane in giallorosso e si ritaglia nuovamente uno spazio da titolare, con buoni risultati.
A fine stagione decide di non rinnovare il contratto con il club giallorosso e si accasa all’Inter pochi giorni dopo la vittoria della Conference League.