Valter Bonacina nasce a Bergamo (Italia) il 30 luglio 1964. Cresciuto calcisticamente nel Cenate Sotto, milita anche nella Virescit Boccaleone in Serie C1. Nel 1986 compie il grande salto passando all’Atalanta in Serie A.
Viene acquistato dalla Roma nel 1991 per 5.5 miliardi di lire. Bonacina è un giocatore di quantità più che di qualità, ma in mezzo al campo si dà da fare ed il rendimento è veramente buono. L’unica pecca è quella di giocare in una squadra fortemente rimaneggiata.
Dopo 3 stagioni in giallorosso torna all’Atalanta dove giocherà per altri 5 anni, divenendo uno dei giocatori con più presenze nel club. Nel 1999 passa al Monza in Serie B. Chiude la carriera da calciatore al Rodengo Saiano nel 2002. Successivamente inizia una carriera da allenatore.